巨灾风险债券的契约条款是债券交易各方权利义务关系的载体。基于剩余索取权与控制权对应的一般原则,必须在理顺债券运行中多方主体的权利义务关系,因为巨灾风险债券的条款设计须解决的一个核心问题,也不例外的在于如何平衡债权债务双方的权利义务关系,保证债券的顺利运作。但是,在进行巨灾风险债券契约条款设计时,必须比较巨灾风险债券在现金流结构、信用结构和期权结构上与一般债券的异同,在债券契约条款设计中应包含一些限制性条款,以便巨灾风险债券的契约条款的科学性。