独立机构的设置是欧盟近年来最显著的制度发展之一。各种独立机构运作在多样化的政策领域,或负责信息收集,或协调成员国的政策执行,或依据欧盟法制定个案决策。它们的出现改进了欧盟的政策制定与执行。尽管反授权原则将独立机构牢牢置于欧盟委员会的制度框架之下,使其必须按照政治领导人的指令行动,但独立机构却因掌握着信息与技术专长而逐步获得了实质性的裁量权,在超国家层面上形成了一个相对自主的行政空间。而独立机构依靠网络治理的特性,也在不断推动着欧洲一体化行政的发展。