将国家审计署对2005、2006、2007年我国中央机关预算运行情况的审计报告中的各种结果按照原因转换成E、P、M、L四个定类变量并进行统计分析,结果发现:预算运行中基于科学管理原则的预算管理不到位是系统性问题;预算筹划阶段经济原则贯彻不到位是普遍性问题;预算在部门内的二次决策是突出问题;未曾显示的预算决策阶段政治原则贯彻问题、预算监督阶段法治原则贯彻问题是属于制度系统性失明问题。建议在3-5年内实现基于ISO标准化的预算科学管理,在此基础上推行绩效预算改革;把政治、法律监督纳入审计法院审计,并把法律监督纳入预算管理的已有环节;改变预算运行阶段的割裂现状。